Cơ cấu tổ chức của Trung tâm gồm 2 cấp:
- Giám đốc Trung tâm và 01 Phó giám đốc giúp việc.
- 03 phòng trực thuộc.
Cụ thể gồm:
- Phòng Kế hoạch tổng hợp.
- Phòng Quan trắc và phân tích môi trường.
- Phòng Tư vấn và Dịch vụ kỹ thuật môi trường.

Nhiệm vụ của các Phòng

Phòng Kế hoạch tổng hợp
* Chức năng:
Giúp Giám đốc trong công tác tổ chức, lao động, hành chính, kiểm soát tài chính và công tác kế toán, tổ chức thực hiện công tác thông tin, lập kế hoạch, tổng hợp báo cáo của Trung tâm theo sự phân cấp của Sở Tài nguyên và Môi trường.
* Nhiệm vụ:
Chủ trì lập kế hoạch hoạt động của Trung tâm, xây dựng kế hoạch và thực hiện công tác tuyển dụng, đào tạo cán bộ.
Thực hiện công tác tài chính, kế toán, văn thư, lưu trữ của Trung tâm.
Thực hiện công tác nội chính, khen thưởng, xử lý hành chính các vi phạm.
Đảm bảo các điều kiện về cơ sở vật chất, trang thiết bị, phương tiện làm việc, tổ chức các hội nghị, hội thảo của Trung tâm.
Chủ trì tổng hợp và làm báo cáo định kỳ, đột xuất về tình hình thực hiện các mặt hoạt động tổ chức, hành chính, tài chính của Trung tâm.
Định kỳ đánh giá, phân tích, rút kinh nghiệm đề xuất các giải pháp để nâng cao hiệu quả công tác.
Cập nhật các thông tin có liên quan về các quy định của Việt Nam, cũng như Quốc tế về các hoạt động của Trung tâm.
Thực hiện các nhiệm vụ khác do Giám đốc yêu cầu.

Phòng Quan trắc và phân tích môi trường
* Chức năng:
Giúp Giám đốc tổ chức thực hiện các hoạt động đảm bảo chất lượng phòng kiểm nghiệm theo ISO/IEC 17025:2005, kiểm soát hoạt động của phòng kiểm nghiệm uỷ quyền. Tổ chức thực hiện hoạt động lấy mẫu phân tích môi trường theo kế hoạch được duyệt, đột xuất do Trung tâm giao và các dịch vụ quan trắc môi trường.
* Nhiệm vụ:
Tổ chức thực hiện, duy trì các hoạt động đảm bảo chất lượng phòng kiểm nghiệm theo ISO/IEC 17025:2005.
Tham gia các hoạt động soát xét, sửa đổi, trình phê duyệt sổ tay theo đúng trình tự quy định .
Xây dựng kế hoạch và tổ chức thực hiện các hoạt động kiểm liên phòng trong nước và quốc tế.
Xây dựng kế hoạch và thực hiện các hoạt động chuẩn bị công nhận, duy trì đánh giá công nhận phòng kiểm nghiệm theo ISO/IEC 17025:2005.
Cập nhật các phương pháp mới, áp dụng thử, đề nghị phê duyệt (nếu cần).
Khảo sát và lập kế hoạch lấy mẫu quan trắc môi trường theo kế hoạch đã được phê duyệt hàng năm.
Khảo sát và lập kế hoạch lấy mẫu quan trắc theo các hợp đồng dịch vụ quan trắc môi trường do Trung tâm ký kết với các khách hàng.
Nhận mẫu và xem xét các yêu cầu thử nghiệm.
Quản lý, cho số nhận diện trên mẫu.
Thực hiện phân tích mẫu.
Quản lý và bảo quản mẫu kiểm nghiệm.
Kiểm soát năng lực kiểm nghiệm của các phòng kiểm nghiệm được ủy quyền.
Thực hiện việc đào tạo, hướng dẫn về phương pháp, kỹ năng lấy mẫu, phân tích các chỉ tiêu vi sinh, hoá học và công tác đảm bảo chất lượng phòng kiểm nghiệm khi có yêu cầu.
Thực hiện thẩm tra nội bộ hàng năm để đánh giá hiệu quả các hoạt động chuyên môn của phòng.
Thực hiện các công việc khác do Giám đốc yêu cầu.

Phòng Tư vấn và dịch vụ kỹ thuật môi trường
* Chức năng:
Giúp Giám đốc tổ chức thực hiện các hoạt động có liên quan tới công tác tư vấn và dịch vụ kỹ thuật môi trường.
* Nhiệm vụ:
Tổ chức thực hiện việc đào tạo kỹ thuật nghiệp vụ về bảo vệ môi trường cho các tổ chức và cá nhân có nhu cầu.
Chủ trì việc thực hiện tư vấn các dự án bảo vệ môi trường, đánh giá tác động môi trường đối với các dự án đầu tư phát triển và các tư vấn khác có liên quan tới môi trường.
Chủ trì việc thực hiện các dịch vụ chuyển giao công nghệ trong lĩnh vực bảo vệ môi trường.
Thực hiện các nhiệm vụ khác do Giám đốc yêu cầu.